《桃蛙源記》背景故事發生在台灣南投縣埔里鎮桃米村，近年來國人皆知的中部山城，有著最動容的自然田野風光，以及滿山遍野的高聳的樹林及竹林，然而，1999年9月21日的九二一大地震摧毀了這山城。近年來由於保育觀念的抬頭興起，再加上社區總體營造的推動，昔日濫墾濫伐的大地破壞因而日趨減少，取而代之是以生態環境教育旅遊的興起，這個風潮正迅速蔓延整個台灣319鄉鎮，一個曾被九二一擊潰的小山村，如何透過以往人們最熟悉的動物-蛙類，而揮別地震陰影進而以蛙類生態為號召，成為都市人心目中的自然樂土。
《桃蛙源記》透過最新的視覺影像科技3D立體動畫，真實地呈現在觀眾眼前。以科普教育為核心，在地的精神出發，將台灣兩棲保育種類--黑蒙西氏小雨蛙 （黑蒙西氏小雨蛙Microhyla heymonsi Vogt, 1911），引導在故事裡，描述的生物間各特徵性棲地環境與大地物種環境的關係，以擬人化的溫馨故事情節手法敘事，主訴說著由於人類小孩的貪玩引起一段母蛙尋子的歷程記，衍生出外來物種的入侵問題、棲地的破壞及污染以及人類的過度開發、不當飼育外來物種等因素，最後導致生存環境破壞殆盡，進而不僅小動物必須要遷移，連帶人類也必須背起行囊去尋找彼此間的(桃花源)，對應著晉代文人陶淵明，所創作之桃花源記之文章，是與時人所嚮往的一種理想社會，它體現了人們的追求與想往，也反映出人們對現實的不滿與反抗，不免隱諭反諷著，現今台灣社會的各種亂象現況。